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GJB5000B与CMMI的目的都是改进软件过程，两种认证都是对组织软件能力的一种肯定，但二者在如下几个方面存在差别：
1、认证主体不同：GJB5000B是由总装新时代认证中心作为权威机构进行认证；而CMMI的认证主要取决于评估者个人的评价及所属的机构。
2、评分标准、严格度不同：CMMI评价结果依据对体系的总体判断；GJB5000B评价结果依据对每一个过程域、每一个目标的评价，只有所有相关目标均得到满足，才能通过。如二级评价，每一项满分为7分，6分以上通过，只要有1项低于6分，评价结果就为不通过。
3、适用范围有差别：GJB5000B作为国家军用标准之一，主要用于军品研制方面，想要进入军品市场，承担军用软件研制、生产、销售的单位必须通过GJB5000B认证；CMMI则相对国际化，多用于申请出口软件或者国外项目。
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